세무조사 공표 급증·조세불복 확산… 달라진 국세청 조사 흐름에 대한 대응은

최근 국세청의 세무조사 흐름에서 눈에 띄는 변화는 비정기 세무조사 증가와 조사 관련 공표 확대입니다.

국세청의 비정기 세무조사는 2023년 2,928건에서 2024년 3,095건, 2025년 3,323건으로 3년 연속 증가했습니다. 2023년과 비교하면 2025년 조사 건수는 약 13.5% 늘어난 수준입니다.

2026년 들어서는 국세청이 세무조사 대상과 조사 착수 사실을 외부에 알리는 사례도 잇따르고 있습니다.

국세청은 올해 상반기 업무성과를 발표하면서 물가상승 조장 탈세, 주식시장 불공정 탈세, 부동산 탈세 등에 대해 엄정하게 조사했다고 밝혔고, 최근에는 공공입찰 과정에서 탈루 혐의가 포착된 업체를 대상으로 세무조사에 착수했습니다.

(다만 전년 동기 대비 약 4배 증가했다고 설명한 것은 세무조사 관련 보도자료·브리핑 등 공표 건수로, 이를 ‘세무조사가 올해 4배 늘었다’고 해석해서는 안 됩니다.)

비정기 세무조사 증가세… 국세청 조사 동향은

최근 3년간 비정기 세무조사는 꾸준히 증가하는 모습을 보였습니다.

비정기 세무조사는 정기적인 선정에 따른 조사와 달리 신고 내용에 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등 법에서 정한 사유를 토대로 실시될 수 있습니다.

따라서 최근 조사 건수의 변화와 함께 국세청이 어떤 탈루 유형을 조사 대상으로 공개하고 있는지도 살펴볼 필요가 있습니다.

1) 최근 3년간 비정기 세무조사 증가

2023년 2,928건이었던 비정기 세무조사는 2025년 3,323건으로 늘어 2년 사이 395건, 약 13.5% 증가했습니다.

2) 세무조사 건수와 함께 늘어난 ‘공표’

2026년에는 세무조사 관련 발표가 이전보다 빈번해졌다는 점도 주목할 만합니다.

2025년 상반기 세무조사 관련 발표·보도자료는 총 3건이었습니다.

반면 이후 관련 발표가 늘었고, 2026년 들어서도 여러 탈세 유형에 대한 조사 내용을 국세청이 잇따라 공개했습니다.

3) 국세청은 어떤 분야를 들여다봤나

최근 국세청이 조사 대상으로 공개한 분야는 부동산부터 자본시장, 생활물가, 공공입찰까지 폭넓게 나타납니다. 국세청 역시 2026년 상반기 주요 성과로 물가상승 조장 탈세·주식시장 불공정 탈세·부동산 탈세 등에 대한 조사를 제시했습니다.

주요 조사·공표 분야

1. 주식시장 : 불공정행위와 연계된 탈세
2. 부동산 : 고가주택·다주택 임대 등 관련 탈세
3. 생활물가 : 원자재 가격 상승 등을 이용한 탈세 혐의
4. 불법수익 : 티켓 암표 등 관련 소득 탈루
5. 시장질서 : 가격담합 등 시장교란행위 관련 탈세
6. 공공입찰 : 유령업체·부정입찰 과정에서 발생한 탈루 혐의

실제로 국세청은 2026년 3월 다주택 임대업자 등 15개 사업자에 대한 세무조사를 발표했고, 9월에는 산불피해 복구사업에 참여한 업체들을 분석해 거짓 세금계산서 수수·가공원가 계상 등 혐의가 포착된 10개 업체를 대상으로 세무조사에 착수했다고 밝혔습니다.

다만 조사 관련 발표가 늘었다는 이유만으로 모든 기업의 세무조사 가능성이 동일하게 높아졌다고 볼 수는 없습니다.

기업 입장에서는 발표 횟수 자체보다 국세청이 어떤 거래와 탈루 유형을 반복적으로 조사 대상으로 제시하고 있는지를 확인하는 것이 중요합니다.

특히 자사의 거래구조나 세무처리 방식이 최근 조사 분야와 맞닿아 있다면 관련 신고와 증빙자료에 문제가 없는지 살펴볼 필요가 있습니다.

세무조사 이후에도 끝이 아니다… 이어지는 조세불복

세무조사를 거쳐 세금이 부과됐다고 해서 과세당국의 판단이 그대로 확정되는 것은 아닙니다.

납세자는 과세근거나 세액 산정에 이견이 있다면 과세처분 전후 단계에서 조세불복 절차를 통해 이를 다툴 수 있습니다.

최근에는 대규모 법인세 부과처분을 둘러싼 기업들의 소송 사례도 이어지고 있습니다.

1) 수백억·수천억 원대 과세처분, 법원 판단은

각 사건은 쟁점과 심급이 다르므로 이를 두고 과세처분이 전반적으로 잘못됐다고 일반화할 수는 없습니다.

다만 과세처분 이후에도 과세근거와 사실관계, 세액 산정 등을 다툴 수 있다는 점은 확인할 수 있습니다.

2) 과세처분에 이견이 있다면

조세불복은 처분 단계에 따라 검토할 수 있는 절차가 달라집니다.

• 과세예고 단계 → 과세전적부심사 검토
• 과세처분 이후 → 이의신청·심사청구·심판청구 등 검토
• 행정상 불복 이후 → 과세처분 취소 등을 구하는 조세행정소송 검토

각 절차에는 청구기간과 요건이 있으므로 어떤 절차를 이용할지와 대응 기한을 함께 확인해야 합니다.

3) 세무조사 단계부터 불복까지 고려해야

세무조사에서 제출한 계약서·회계자료·거래증빙과 회사의 소명 내용은 이후 과세처분의 판단자료가 될 수 있습니다.

따라서 세무조사 통지를 받았다면 조사 대응에만 그치지 않고 문제되는 거래와 과세 쟁점을 파악해 향후 과세처분과 조세불복 가능성까지 연결해 검토할 필요가 있습니다.

세무조사 통지받았다면… 기업이 확인해야 할 세무 리스크

세무조사 통지를 받았다면 조사 일정만 준비하기보다 어떤 세목과 거래가 조사 대상인지부터 파악해야 합니다.

특히 동일한 회계·세무처리 방식을 여러 사업연도에 걸쳐 적용했다면 하나의 쟁점이 다른 거래나 과세기간까지 확대될 수 있습니다.

조사 과정에서 제출하는 자료와 소명 내용 역시 이후 과세처분에 영향을 줄 수 있어 사전에 자료 간 불일치가 없는지 확인할 필요가 있습니다.

기업이 확인해야 할 사항

세무조사부터 조세불복까지, 법무법인 대륜의 원스톱 대응

세무조사는 세법만 확인해서 대응하기 어려운 경우가 있습니다.

기업의 거래구조와 계약관계, 회계·세무처리 방식이 서로 연결돼 있고, 조사 결과에 따라 과세처분이나 조세불복은 물론 조세범칙조사까지 이어질 수 있기 때문입니다.

대한민국 9위 로펌 법무법인 대륜(2025년 국세청 부가가치세 신고 기준)은 기업일반그룹과 국제조세관세그룹이 협업해 기업의 사업·거래구조를 파악하고 세무조사 단계부터 과세처분, 조세불복까지 연결해 대응합니다.

법무법인 대륜의 전략

• 기업 거래구조 분석 : 기업변호사가 계약관계와 자금 흐름, 관계회사·특수관계인 거래 등 세무조사의 배경이 되는 사업구조 검토
• 세무조사 대응 : 국제조세관세그룹이 조사 대상 세목·기간과 회계·세무자료를 살펴 주요 과세 쟁점 및 소명 방향 정리
• 과세처분 검토 : 조사 결과와 실제 거래내용을 대조해 과세근거·세액 산정 및 사실관계상 다툴 부분 분석
• 조세불복 대응 : 과세전적부심사부터 이의신청·심사청구·심판청구 등 사안에 맞는 불복절차와 주장 검토
• 소송·형사절차 대응 : 과세처분 취소소송이나 조세범칙조사·조세포탈 혐의로 이어진 경우 관련 분야 변호사와 연계해 대응전략 수립

“세무조사는 세무대리인에게 맡기면 되는 것 아닌가?”라고 생각할 수도 있습니다.

그러나 세무조사 과정에서 계약의 실질이나 특수관계인 거래, 비용 지급의 성격처럼 법률적 판단이 필요한 쟁점이 발생하거나, 과세처분 이후 조세불복·행정소송 또는 형사책임까지 문제된다면 검토 범위가 달라질 수 있습니다.

대륜은 기업변호사와 조세변호사, 세무사 등 법률 전문가들의 협업을 통해 기업의 실제 거래구조와 세무자료를 함께 분석하고, 조사 단계에서 제기된 쟁점이 이후 과세처분과 법적 분쟁으로 어떻게 연결될 수 있는지까지 검토합니다.

세무조사 통지를 받았거나 과세당국의 처분에 이견이 있다면 법무법인 대륜의 🔗기업변호사와 기업의 세무·법률 리스크 및 대응 방향을 확인해 보시기 바랍니다.