경정청구 | 철거 예정 아파트도 주택일까... 취득세율 적용 기준을 정한 대법원의 판결

원고는 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 설립되어 서울 소재 아파트의 재건축사업을 시행하던 주택재건축정비사업조합이었습니다.

재건축사업을 진행하던 조합은 조합원과 매도청구권을 둘러싼 민사소송을 진행하였고 그 결과에 따라 2016년 12월 청산금 11억 원을 공탁한 뒤 2017년 3월 해당 아파트의 소유권이전등기를 마쳤습니다.

이에 조합은 아파트를 취득하면서 청산금과 법무사수수료를 합산한 금액을 취득세 과세표준으로 산정했습니다.

여기에 당시 구 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 (나)목을 적용하여 1천분의 40, 즉 4%의 세율로 취득세 등을 신고·납부했습니다.

사건의 흐름과 쟁점

• 취득 주체 : 주택재건축정비사업조합
• 취득 대상 : 재건축사업구역에 포함된 기존 아파트
• 취득 경위 : 조합원과의 매도청구권 관련 민사소송 결과에 따라 취득
• 청산금 : 11억 원 공탁
• 최초 적용 세율 : 구 지방세법 제11조 제1항 제7호 (나)목에 따른 4%
• 쟁점 발생 배경 : 해당 아파트에 주택 유상거래 취득세율을 적용할 수 있는지 문제됨

조합은 취득세를 신고·납부한 이후 기존에 적용했던 세율이 아니라 구 지방세법 제11조 제1항 제8호의 주택 유상거래 세율인 1천분의 30, 즉 3%가 적용되어야 한다고 판단했습니다.

이에 2022년 1월 취득세 등의 감액을 요구하는 경정청구를 제기하면서, 법무사수수료 역시 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장했습니다.

그러나 관할 구청은 2022년 3월 해당 부동산을 구 지방세법상 ‘주택’으로 볼 수 없다는 이유로 경정청구를 거부했습니다.

조합이 취득할 당시 이미 재건축을 위한 단수 조치가 이루어졌고 기존 거주자도 이주한 데다 철거까지 예정되어 있었다는 점이 주택 해당 여부를 판단하는 과정에서 문제가 되었기 때문입니다.

결국 이 사건에서 대법원이 판단해야 할 핵심은 재건축조합이 취득한 아파트가 조만간 철거될 예정이었다는 사정만으로 주택 유상거래 취득세율의 적용 대상에서 제외되는지였습니다.

대법원은 먼저 구 「지방세법」 제11조 제1항 제8호와 「주택법」 제2조 제1호를 근거로 취득세율 적용 대상이 되는 ‘주택’의 의미를 판단했습니다.

구 「지방세법」 제11조 제1항 제8호는 건축물대장·사용승인서·임시사용승인서 또는 등기부에 주택으로 기재되고, 건축물의 용도가 주거용으로 사용되는 건축물과 그 부속토지를 주택으로 규정하고 있었습니다.

또한 현 「주택법」 제2조 제1호 역시 주택을 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부와 그 부속토지로 정의합니다.

대법원은 이를 종합하여 공부상 주택으로 기재되어 있는 것에 더해 건축물의 구조 등이 주거에 적합하여 실제 주거용으로 사용할 수 있어야 한다고 판단했습니다.

주택 해당 여부를 판단하는 기준

• 공부상 기재 : 건축물대장이나 등기부 등에 주택으로 기재되어 있는지 확인
• 건축물의 구조 : 세대가 독립적인 주거생활을 할 수 있는 구조가 유지되고 있는지 판단
• 주거 가능성 : 취득 당시 건축물의 구조와 시설이 실제 주거용으로 사용할 수 있는 상태인지 확인
• 기능 상실 여부 : 철거 준비 등이 진행된 경우에도 주택으로서 구조와 기능을 본질적으로 상실했는지 검토

이 사건 아파트는 조합이 취득할 당시 재건축을 위한 단수 조치가 이루어졌고 기존 거주자도 다른 곳으로 이주한 상태였습니다.

이후 철거까지 예정되어 있었기 때문에 이러한 사정으로 해당 아파트가 구 「지방세법」상 주택의 성격을 상실했는지가 쟁점이 되었습니다.

그러나 대법원은 이주나 단수, 철거 예정이라는 사정만으로 해당 아파트를 주택이 아니라고 판단할 수 없다고 보았습니다.

취득 당시 아파트에는 주택으로서의 구조와 시설이 대체로 남아 있었으며, 실제 주거용으로 사용할 수 없을 정도로 주택의 기능을 본질적으로 상실했다고 평가하기 어려웠기 때문입니다.

이에 따라 대법원은 해당 아파트에 구 「지방세법」 제11조 제1항 제8호의 주택 유상거래 취득세율을 적용할 수 있다고 본 원심의 판단이 정당하다고 판단했습니다.

결국 구청장의 상고는 기각되었으며 해당 아파트를 주택으로 인정하지 않고 조합의 경정청구를 거부한 처분이 위법하다는 원심의 결론이 유지되었습니다.

대법원의 판단

「지방세기본법」 제50조 제1항은 신고한 과세표준 및 세액이 「지방세법」에 따라 신고해야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나, 신고한 환급세액이 실제 신고해야 할 환급세액보다 적은 경우 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있습니다.

취득세를 비롯한 지방세에서는 다음과 같은 사항을 중심으로 경정청구 가능성을 검토할 수 있습니다.

• 과세표준 : 신고 당시 과세표준에 포함되지 않아야 할 금액이 반영되었는지 확인
• 적용 세율 : 취득한 부동산의 종류와 취득 형태 등에 맞는 세율이 적용되었는지 검토
• 세액 산정 : 관련 지방세 법령에 따라 계산한 세액보다 많은 금액을 신고·납부했는지 확인
• 환급세액 : 신고한 환급세액이 법령에 따라 인정되는 금액보다 적게 산정되었는지 검토

특히 부동산 취득세는 취득 대상과 취득 원인, 부동산의 용도 및 적용 세율에 따라 세액이 달라질 수 있으므로 경정청구를 검토할 때는 최초 신고 당시 적용한 법령과 사실관계를 함께 확인해야 합니다.

일반적인 지방세 경정청구는 「지방세기본법」 제50조 제1항에 따라 원칙적으로 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 할 수 있습니다.

지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있었다면 이를 안 날 또는 통지를 받은 날부터 90일 이내라는 별도의 기준도 적용되며, 이 경우에도 법정신고기한이 지난 후 5년 이내라는 제한을 받습니다.

한편 최초 신고 이후 새로운 사정이 발생한 경우에는 후발적 경정청구가 문제될 수 있습니다.

「지방세기본법」 제50조 제2항은 과세표준과 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 조세심판 결정이나 소송의 판결 등에 의해 다른 것으로 확정된 경우 등에는 해당 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있습니다.

재건축·재개발사업에서는 사업 진행 과정에서 기존 부동산의 취득과 철거, 소유권 이전 등이 이어지므로 취득 당시 부동산의 법적 성격과 객관적인 상태를 확인하고 이에 맞는 취득세율이 적용되었는지 검토하는 과정이 필요합니다.

부동산변호사는 부동산의 취득 경위와 관련 자료, 적용 법령을 분석하여 다음과 같은 조력을 제공할 수 있습니다.

▶ 부동산 매매계약서, 등기자료 및 취득세 신고·납부 내역을 분석하여 과세표준과 적용 세율의 적정성 검토

▶ 재건축·재개발사업 과정에서 취득한 토지·건축물의 법적 성격과 취득 당시 상태를 토대로 취득세 적용 기준 분석

▶ 「지방세법」 및 「지방세기본법」에 따라 경정청구 가능 여부와 청구기간을 확인하고 필요한 입증자료 검토

▶ 과세관청이 경정청구를 거부한 경우 경정거부 사유와 관련 법령·판례를 분석하여 처분의 적법성 검토

▶ 경정청구 이후 조세심판청구 및 경정거부처분 취소소송이 필요한 경우 부동산 관련 사실관계와 과세쟁점을 토대로 불복절차 대응

대한민국 9위 로펌 법무법인 대륜(2025년 국세청 부가가치세 신고 기준)은 부동산·재건축·재개발 분야에 대한 다수의 사건 수행 경험을 바탕으로 부동산 취득 과정에서 발생하는 취득세 및 경정청구 관련 법률문제를 검토하고 있습니다.

부동산의 취득 경위와 적용 세율, 과세표준을 분석하고 경정청구부터 과세관청의 거부처분에 대한 조세심판 및 행정소송까지 사안에 필요한 대응 방향을 마련합니다.

부동산 취득 후 취득세를 과다 납부한 것으로 의심되거나 과세관청으로부터 경정청구 거부처분을 받은 경우 🔗부동산변호사 법률상담예약을 통해 구체적인 대응 방향을 검토해 보시기 바랍니다.