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사례분석/최신동향

허위세금계산서 | ‘자회사 명의 세금계산서’를 모회사 책임으로 본 첫 판결

허위세금계산서와 관련해 자회사 명의 세금계산서를 모회사 책임으로 본 첫 대법원의 판례입니다. (대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결)

1. 허위세금계산서 문제가 된 사건 개요

허위세금계산서 문제가 된 사건 개요를 살펴보겠습니다.

이 사건은 S식품 그룹 계열사들의 거래 구조와 관련된 세금계산서 문제에서 비롯되었습니다.

라면 완제품을 생산하는 원고 1 회사(S식품)는 원재료와 포장재를 그룹 내 다른 두 모회사(원고 2, 3 회사)로부터 공급받아 사용했습니다.

그런데 S식품 대표이사 등은 기존에 설립된 자회사 명의의 사업자등록을 이용해 실제 모회사가 거래한 물품임에도 불구하고 자회사 명의로 세금계산서를 발급·수취하게 했습니다.

이 과정에서 거래대금은 자회사 계좌로 입금되었습니다.

세무조사에서 이 사실이 적발되자 과세당국은 2011년사부터 2017년까지의 거래를 문제 삼아 부가가치세, 법인세 및 각종 가산세를 추가 부과했습니다.

이에 S식품 등 원고 회사들은 과세 처분이 부당하다며 소송을 제기했습니다.

2. 허위세금계산서 사건의 핵심 쟁점

허위세금계산서 문제가 된 사건

허위세금계산서 사건의 핵심 쟁점은 크게 세 가지입니다.

세금계산서의 진실성 문제

실제로 거래를 한 주체는 모회사였는데 세금계산서에는 자회사의 사업자등록번호가 기재되어 있었습니다.

이러한 세금계산서를 ‘사실과 다른 세금계산서’로 보아 매입세액 공제를 불허하고 가산세를 부과할 수 있는지가 문제였습니다.

가산세 부과의 정당성

만약 세금계산서가 허위로 인정된다면 모회사에게는 세금계산서 미발급가산세·계산서 미발급가산세가, 자회사에게는 가공발급·수취가산세가 부과될 수 있습니다.

이러한 처분이 법적으로 타당한지가 쟁점이었습니다.

부과제척기간

국세를 부과할 수 있는 기간은 일반적으로 5년입니다.

그러나 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 조세를 포탈한 경우에는 10년까지 연장됩니다.

따라서 이 사건에서 10년의 장기 제척기간을 적용할 수 있는지가 또 다른 핵심 쟁점이었습니다.

3. 허위세금계산서 관련 법원의 판단

허위세금계산서 관련 법원의 판단을 살펴보겠습니다.

▶하급심 판단

1심과 항소심은 원고 측의 손을 들어주었습니다.

재판부는 모회사들이 실제로 사업을 운영하고 부가가치세도 직접 신고·납부해 온 사실을 인정했습니다.

따라서 자회사 명의로 세금계산서를 발급받았다고 해서 이를 전적으로 허위라고 단정하기 어렵다고 판단했습니다.

결국 하급심은 해당 세금계산서를 진정한 거래 사실을 반영한 것으로 보아 매입세액 공제를 인정했고, 이에 따라 가산세 부과도 부당하다고 판단했습니다.


▶대법원 판단

대법원은 하급심과 달리 과세당국의 손을 들어주었습니다.

1. 자회사 명의의 독립성

모회사와 자회사는 별도의 법인격과 사업자등록을 가지고 있었습니다.

대법원은 단순히 명의를 빌린 것이 아니라 법적으로 독립된 주체로서 과세당국이 혼동할 소지가 충분히 있다고 판단했습니다.

2. 자회사 명의 사용 목적

자회사가 독자적으로 사업을 운영한 흔적은 거의 없었습니다.

오히려 대표이사 등이 자금 횡령을 목적으로 자회사 명의를 이용하여 매출 외형을 이전한 정황이 확인되었습니다.

3. 과세행정에 미치는 영향

과세당국 입장에서는 거래의 실질 주체를 혼동하게 되고 세원 포착을 어렵게 만드는 중대한 문제로 평가되었습니다.

따라서 대법원은 자회사 명의로 발급된 세금계산서를 ‘사실과 다른 세금계산서’로 바라보았습니다.

그 결과 모회사 측은 매입세액 공제를 받을 수 없고 세금계산서 미발급가산세·허위증빙 수취가산세를 부담해야 하며, 자회사 측도 가공발급·수취 가산세의 대상이 된다고 판단했습니다.

4. 부과제척 기간

대법원은 부정행위로 조세를 포탈한 경우 본세뿐만 아니라 무신고·과소신고·납부불성실 가산세에도 10년의 제척기간이 적용된다고 보았습니다.

또한 위장세금계산서 수취 가산세는 본세 포탈 여부와 관계없이 10년의 제척기간이 적용된다고 밝혔습니다.

대법원이 판단한 법리

대법원이 제시한 법리를 살펴보겠습니다.

▶사실과 다른 세금계산서란?

세금계산서에 반드시 기재해야 할 내용(공급·공급받는 자의 등록번호, 거래 금액, 시기 등)이 실제 거래와 맞지 않으면 그것은 ‘사실과 다른 세금계산서’입니다.

예를 들어 실제 물품을 공급한 회사가 따로 있는데 다른 회사 이름으로 세금계산서가 발급되면 이는 허위로 본다는 뜻입니다.

▶명의만 빌린 경우와 실제 사업한 경우의 구별

-예외적으로 허용되는 경우:

겉으로는 다른 사람(제3자) 명의로 사업자등록이 되어 있어도 실제로 그 사람이 사업을 운영하고 물품을 공급했다면 그 사람을 진짜 사업자로 인정할 수 있습니다.

-원칙적으로 허용되지 않는 경우:

하지만 실제 거래를 한 회사와 세금계산서에 적힌 회사가 다르면 이는 명의만 빌려 쓴 것이므로 세금계산서를 허위로 보고 매입세액 공제를 인정하지 않습니다.

▶판단 기준

대법원은 서류만 보는 것이 아니라 다음과 같은 여러 요소를 종합적으로 살펴 실제 사업 주체를 판단해야 한다고 했습니다.

-명의를 빌려준 회사와 실제 운영한 회사의 관계

-명의를 이용하게 된 목적과 경위

-해당 사업장에서 실제 어떤 방식으로 거래가 이루어졌는지

-수익과 비용을 누가 관리했는지, 자금이 어떻게 흘렀는지

-세금계산서 발급에 명의자가 실제로 관여했는지, 명의자가 이익을 얻었는지 여부

4. 허위세금계산서, 대륜의 전략은?

허위세금계산서와 관련한 이번 판례는 기업집단 내부에서 자회사 명의를 빌려 세금계산서를 발급·수취하는 행위가 형식상의 편의를 위한 목적이 아니라 과세행정에 혼란을 야기하고 조세포탈 위험을 높이는 중대한 위법 행위로 판단될 수 있음을 보여주는 사례였습니다.

특히 세금계산서 명의와 실제 사업주체가 불일치하면 매입세액 공제 불허와 각종 가산세 부과라는 중대한 불이익이 따르게 됩니다.

또한 부정행위로 평가될 경우 본세와 가산세 모두 10년 동안 과세될 수 있어 오래 전 거래라 하더라도 과세 리스크가 장기간 유지된다는 점에서 기업들의 주의가 필요합니다.

본 법인은 국세청∙과세관청 조사 대응 경험과 기업∙공공기관 사내변호사 경력을 갖춘 조세전문변호사들이 로펌 소속 세무사∙회계사와 유기적으로 협업해 세무조사 대응, 사실관계 입증, 소송 전략 수립까지 전문적인 법률 지원을 제공하고 있습니다.

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